Milieu de l’année 60. Le chaos et la folie règne à Rapture. La cité est divisée. Andrew Ryan, son fondateur, n’a plus aucun allié et n’est plus que l’ombre de lui-même. La population a mutée en chrosomes et est presque intégralement dépendante de l’ADAM, substance rendant le corps endurant à toutes sortes de virus et manipulation génétiques. C’est dans cet enfer qu’arrive le héros, Jack, suite au crash de son avion au beau milieu de l’océan atlantique. Descendu dans la ville via la batisphère du phare d’accueil, il ne va pas tarder à découvrir les horreurs et dangers qui le menacent. Aidé par un mystérieux informateur prénommé Atlas, Jack parvient à se frayer un chemin dans l’univers art-déco de la cité en ruine. Combattant les chrosomes grâce aux armes trouvées sur place et aux plasmides qu’il n’hésite pas à s’injecter dés son arrivé, il rencontre au fil de son expédition les différentes personnalités de Rapture. Il combattra à mort plusieurs d’entre-elles : l’effroyable Dr Steinman pratiquant des expériences horribles sur le corps de ses patients, le scientifique Yi Suchong expert en conditionnement mental, Andrew Ryan en personne ou encore Frank Fontaine, principal agitateur et qui s’avèrera être le fameux Atlas guidant Jack.

Dans ce premier opus, on en apprend beaucoup sur Rapture tout en gardant tout le mystère de autour de la cité sur des points cruciaux (sa construction, son écosystème, etc). Les principales révélations sont au niveau des personnages. Jack, le héros, n’est autre que le fils caché de Andrew Ryan, vendu par sa maîtresse (Jasmine Jolene) à Bridgette Tenenbaum et Yi Suchong pour le compte de Frank Fontaine. Jack fut transformé physiquement et conditionné mentalement par Suchong. A un an, il avait l’apparence d’un homme de 19 ans et il fut conditionné à effectuer toutes les tâches qu’on lui confiait en utilisant l’expression « Je vous prie ». C’est ainsi que Jack sera amené à tuer son propre père, Andrew Ryan. Fontaine avait prévu dés le début d’utiliser Jack comme arme pour se débarrasser de Ryan le moment voulu. On apprend également dans ce premier volet que Bridgette Tenenbaum est la créatrice des Petites Sœurs et Yi Suchong des Protecteurs. Les deux amis sont à l’origine directe de l’ADAM, Suchong ayant également créé au moins deux plasmides (télékinésie et enragement).

Ce premier opus est assez paradoxal puisqu’il débute alors même que Rapture a déjà chuté. Ainsi l’intégralité du jeu consiste en fait à une grosse chasse aux indices sur le passé de la cité afin de comprendre les raisons de son échec. BioShock donne de ce point de vue un nombre conséquent de réponses.